Сделал примитивный PCI-мастер на EPM1270, в режиме мастера - только чтение из памяти, причем, для начала, по одному двойному слову.
Нормально читаю из памяти PCI-устройств, расположенных на этой шине, при обращении к основной памяти получаю STOP# на первое же обращение. Адрес - любой.
Подскажите, пожалуйста, хотя бы направление, где копать?

PCI 3.0 Specification, 3.3.3.3. Delayed Transactions

Обязательно нужно правильно генерировать сигнал PAR, иначе на любую транзакцию будете отлуп получать. А по поводу STOP# - нужно еще посмотреть значение остальных сигналов в момент его снятия, так что смотреть нужно раздел 3.3.3.2. Target Initiated Termination.

Большое спасибо за советы , особенно Oldring, помогли!
Это действительно была Delayed Transaction