Почему область Bootloader в AVR находится в конце памяти, а в PIC18F4550 – официально по Datasheet в начале? Можно ли в AVR в принципе сделать boot в начале (имеется ли от этого выгода или нет)? Для PIC неофициально делается и так, и так.

Патамушта! ;О) Патамушта в начале памяти лежат вектора, которыми юзер непременно захочет попользоваться. И юзер не должен знать о наличии бутлодыря. По крайней мере, бутлодырь не должен мешать юзеру. Иначе наф он нужен.
Бут вначале сделать можно, только шить флэшь надо будет всё равно из области бутлодыря. И это прально. И защита от чтения на бутлодырь действует только на верхние области. В общем, куда ни кинь, с нестандартностью сплошной геморрой. Чес-говоря, не вижу никакой необходимости располагать бутлодырь снизу, а юзерную программу сверху. Совсем.

У атмела есть фъюз откуда стартовать из области загрузчика или из области программы.

А зачем?