Выводы МК выведены на JTAG напрямую, включены внутренние подтягивающие резисторы, будет ли МК чувствителен по этим входам к помехам

За что Вы беспокоитесь?
Если за обмен по JTAG, нет не будет, т. к. когда подключен отладчик, выводы не висят в воздухе.
В рабочем режиме (без отладчика) выводы можно оставлять как у Вас если к ним подключены не сильно длинные антенны. Если хотите перестраховаться, перестройте эти выводы на выход.

Конечно будет, но обычно это влияет только при отладке программы в составе системы, когда к микроконтроллеру подключены исполнительные элементы (мощные нагреватели, двигатели и проч.). Я таким образом убил несколько микроконтроллеров. Выглядело так, как будто фузы неправильно установились, но попытка перезаписать их в том числе и по ISP не получилась.
В рабочем режиме это не опасно-длины линий JTAG обрываются у разъема JTAG, который должен находиться поближе к контроллеру. При соблюдении элементарных требований (длины кабелей, соединение земель) использование JTAG безопасно при отсутствии энергопотребляющих элементов.
Для работы в условиях помех рекомендую JTAG ICE с гальванической развязкой - например, от Olimex.

С таким же успехом будут чувствительными к помехам любые другие выводы МК.
В связи с JTAG Altera, например, рекомендует подтягивать линии JTAG к питанию через резисторы 1 кОм непосредственно возле разьёма.
Для большей надёжности в рабочих условиях рекомендуется отключать фьюзы JTAGEN и OCDEN.

JTAG разъем в 1см от МК Atmega325, эти выводы больше не для чего не используются, беспокоило что выводы висят в воздухе и во время работы, без JTAG отладчика, на выводы возможно наведение помех, спасибо что ответили по моей проблеме, да и плата уже разведена.

Конечно, Игорь, все выводы будут чувствительны.
Но сигналы JTAG - все-таки нечто особенное, так они используются для программирования программной памяти, а во время программирования помеха на сигнале JTAG приводит к драматическим последствиям. Помеха на других выводах AVR к тамим последствиям не приводит. Подумаешь, сигнал не так сосчитался, или даже команда сбойнула.

Кроме того, "мы же думали" (из анекдота про полет на солнце). В том контроллере все обычные выводы были защищены от помех гальваническими развязками, резисторами и проч. А JTAG что - он же только для отладки, вот про него и не думал.

Добавлю.
В JTAGе есть управляющий автомат, который командует переходами.
Так вот, если посмотрите диаграмму, то Вы увидите, что для того, чтобы автомат сделал переход в режим приема команды, а потом в режим приема данных, необходимо выполнить шаги из состояния ресета так, чтобы на вход CLK навелся положительный фронт, а на входе TMS в это же время был низкий уровень.
А вот для следующего шага надо несколько раз менять уровень на входе TMS. А иначе, если только наводить клоки и не менять уровень на TMS, эта помеха будет "обработана" и автомат через 5 тактов снова вернется в исходное.
Удачи!

Чтобы предотвратить случайное пробуждение чипа в режиме JTAG, TRST должен быть притянут к земле (PULL-DOWN 1K), TDI и TMS к питанию (PULL-UP 1K). Удачи.

И контроллер будет спать надежно. В ресете.

А у каких контроллеров AVR имется этот TRST? Вы с AVR с ARM не спутали часом? По стандарту IEEE 1149.1 сигнал TRST является опциональным сигналом TAP вроде.

Правильно, опциональным. И если он есть то на нем должен сидеть пул-даун 1К. А для работы с JTAG внешний контроллер, подключаемый к JTAG коннектору должен держать его в высоком уровне. Сигнал TRST ecть у всех контроллеров фирм CORELIS, JTAG Technology, ASSET, GOEPEL, FLYNN и т.д.

А зачем рекомендовать использование отсутствующего в AVR сигнала TRST - для демонстрации своей выдающейся эрудиции или просто ради попи...?

Ни для первого ни для второго. Это просто общие правила тестопригодности и помехозащищенности по цепям JTAG. Каюсь, грешен, не проверил наличие или отсутвия TRST в данном конкретном чипе.

Неконкретный ответ на конкретный вопрос вполне логично называют словоблудием

Изначальный вопрос был достаточно прозрачен. А на Ваше замечание могу ответить лишь следующим - не говорите мне что делать и я не скажу Вам куда идти. Удачи в пути. Данную тему считаю для себя закрытой.

Думаю ради вот этой фразы:

Спамер просто.

Отнюдь. Я их не продаю.

Я вообще-то удивляюсь, глядя на вас. Пытаешься помочь. Ну, допустил оплошность. А вы накидываетесь как свора бешеных собак. А когда какой-то умник с соседнего форума заявляет, что фронты TCK и TMS должны быть синхронны, так ему никто не возражает. Воистину - бойся того, кто знает как...

Бывает, только перед этим допустивший оплошность круто прорекламировался. Посему и отношение в Вашим ополшностям много более строгое.

"Прорекламировавшийся" свое сообщение подрихтовал. Предлагаю весь последующий флуд из этого топика просто удалить.
P.S. Опс! Не в то сообщение заглянул. Претензии к #11, как я понимаю?

А спамеры и не продают. Они рекламируют. Везде и все подряд в навязчивой форме.

Если Вы действительно пытаетесь помочь и ничего больше, приношу извинения.

Ваши извинения приняты. Если я что и рекламирую, то только свою фирму и предоставляемые ею услуги.