Как все-таки стереть память автозагрузчика и использовать её для своих нужд? Это актуально в F1101, где мало памяти и иногда не хватает совсем чуть-чуть.
Хорошо бы научиться помещать туда константы во время компиляции проекта.

BootLoader специально сделан нестираемым. Патчи к нему можно грузить и в ОЗУ. Если же не хватает размера Flash для кода, то возьмите другой кристалл в таком же корпусе. Это не проблема.