Скажите, почему результаты моделирования в Protel DXP 2004 не совпадают с результатами моделирования в Micro-Cap7? Чему верить?

Неправильная постановка вопроса. В первом приближении результаты мало зависят от самого пакета, а в основном от адекватности использованых моделей. Сравните модели в том и другом пакете, попробуйте найти модель от производителя. И самое главное сравните результаты моделирования: пакет не заменяет понимания процессов и ожидаемых результатов - это только инструмент и не более того, хотя и удобный инструмент. Если Вы моделируете большую схему, разбейте на маленькие и проанализируйте и сравните результаты - таким образом можно найти где же у Вас различия, а дальше уже можно сравнивать модели.

Спасибо, посмотрел модели, параметры явно отличаются.

Извиняюсь, уточнил, не отличаются!!!

Про Protel ничего сказать не могу - не работаю с ним, а Microcap дает вполне адекватные результаты.
А вообще странно: при одних моделях разные результаты! Правда Вы не уточняли насколько разные - может не принципиально разные? Неплохо бы приводить эти результаты - может зря "копья ломаем".