Для самого бутлоадера сделал отдельный файл xcl в котором урезал размер rom до 8 кб. Т.е. бутлоадер сидит в первых 8 кб. Остальное - сама софтина. Соответственно для самой программы тоже подредактировал файл и теперь -DROMSTART=00002000.
Все вектора (кроме reset)в cstartup от бутлоадера поправил - прыгают на 8 кб вперед.
Сделал так для удобства разработки основной софтины - меняешь файл настройки линкера и можно отлаживать либо делать релизный билд со смещением.
Теперь проблемма. Из бутлоадера перехожу на основную программу так:
app = (void (*) ()) 0x00002000;
AT91C_BASE_RSTC->RSTC_RCR = (0xA5000000 | AT91C_RSTC_PERRST);
(app)();
Так вот если идти по шгагам в отладчике - все нормально проходит и основная программа запускается и работает. Если отключить отладчик - то дальше бутлоадера не идет.

Вопрос: может я что забыл или не так деалю?