Прилагаю файлы в формате P-CAD 2004. Защита аналоговой земли от цифровых помеховых токов за счет присоединения заземляющего контура к площадке в левом нижнем углу и за счет расположения на плате микроконтроллера и внешнего АЦП вверху платы, книзу цифровой стороной.

На первый взгляд...
1) Фильтрующие конденсаторы (0,1 мкФ) далековаты от ног питания микросхем.
2) Есть несоединенные островки в полигоне PGND (DRC делали?).
3) Ну и 3 В тянуть проводом... имхо правило "звезды" не выполняется.
4) Еще я лично для микросхем с малым шагом делаю неперекрывающиеся маски контактных площадок, чтобы было не одно сплошное окно, а окошки под каждую площадку.
5) Шелкография залезает на контактные площадки -- не приветствуется (если конечно заказывать нанесение маркировки).
6) Термальные соединения толщиной 0.050mm к земле PGND -- скромновато. Да и к изготовлению такие минимальные толщины не везде примут .
7) И вообще лучше сигнальные проводники максимально пускать по Top'у, а Bottom залить сплошняком землей -- так возвратные токи не будут формировать петель с прямыми -- ну да это для более высоких частот.

Такое ощущение, что разводкка автоматическая, не ручная.

Для курсового ништяк

Посмотрите в семинаре 10 главу.
http://www.analog.com.ru/pub_semin.htm
Наверно больше внимания надо уделить самой принципиальной схеме ( с точки зрения ее наглядности)

Еще насторожила нумерация пинов в одной из микросхем на печати. Может по периметру возрастание.

Действительно, распиновка была неверной, я переделал. Возникла следующая проблема: термальный барьер от полигона не соединяется с некоторыми площадками, в частности площадками АЦП шириной 0,25 - 0,35 мм Установил минимально возможную ширину термальных соединений 0,2 мм. Как быть? Вручную соединить не удается, потому что полигон попросту обходит проводник.

С этим разобрался, теперь не могу задать в Пикаде, чтобы паяльная маска на переходные отверстия наносилась. Подскажите, как это сделать.

Добавь в параметры Via в Modify(Complex) слои TopMask и BottomMask и выстави их параметры Width и Height в 0 мм.