При создани Thermal PAD возникает необходимость в размещении на нём некоторого количества сквозных металлизированных отверстий. Я обычно для этих целей создаю соответствующее количество сквозных пинов. И один из них ассоциирую с полигоном контура Thermal PAD. При этом схемный элемент должен содержать соответствующее количество выводов, подключенных например к земле (пусть даже через атрибут "SIGNAL"). Это не совсем удобно и логично. Хотелось бы представлять Thermal PAD как один вывод (хотя бы в схемном элементе).

Можно создать один пин и разместить на нем stitching vias где хотите и как хотите. Смотрите Help как их добавить.

stitching vias
Any SMD via, through-hole via, or partial via added to nets (on traces or within plane areas) in a repetitive manner. You can add these vias, also called free vias, for various purposes, including current and thermal needs. For example, you can place stitching vias in a plane area to provide conduction between two plane areas. You must assign stitching vias to a net, but they do not have to have traces attached to them.

Если я правильно понял, то данный метод предполагает размещать stitching vias на уровне печатной платы. В некоторой степени это решает проблему. Однако, меня в большей степени интересовал способ размещения stitching vias (или чего-то аналогичного) внутри decal. Я такого способа пока не нашёл. Подскажите, если неправ.

Вы правы. Это делается на самой плате, на компоненте это делается так как Вы описали. Если в плате много одинаковых компонентов с Thermal pad то расположение stitching vias легко копируется с одного пада на другой.