Пример:
typedef struct
{
unsigned M1 : 1;
unsigned M2 : 1;
unsigned M3 : 1;
unsigned M4 : 1;
unsigned M5 : 1;
unsigned M6 : 1;
unsigned M7 : 1;
unsigned M8 : 1;
unsigned M9 : 1;
unsigned M10 : 1;
unsigned M11 : 1;
unsigned M12 : 1;
unsigned M13 : 1;
unsigned M14 : 1;
unsigned M15 : 1;
unsigned M16 : 1;
} T_BitFields;
typedef unsigned short u16;
typedef union
{
T_BitFields bR;
u16 R;
} T_BitReg;
T_BitReg BitReg;
Как сделать, чтобы в И_А_Р_е под BitReg выделялось два байта, а не 4.

Заменить unsigned на u16 в определение битовых полей!

typedef unsigned short u16;
typedef struct
{
u16 M1 : 1;
u16 M2 : 1;
u16 M3 : 1;
u16 M4 : 1;
u16 M5 : 1;
u16 M6 : 1;
u16 M7 : 1;
u16 M8 : 1;
u16 M9 : 1;
u16 M10 : 1;
u16 M11 : 1;
u16 M12 : 1;
u16 M13 : 1;
u16 M14 : 1;
u16 M15 : 1;
u16 M16 : 1;
} T_BitFields;
typedef union
{
T_BitFields bR;
u16 R;
} T_BitReg;
T_BitReg BitReg;

Между прочим, IAR тут совершенно не причем. Все компиляторы по жизни обязаны трактовать unsigned,
как unsigned int.

Вариант предложенный KRS не проходит на каждый элемент (M1..M16) выделяется по два байта.

В то время как описанный мною пример хорошо прокатывал на I_A_R для AVR

Нет.

Только что сокмпилил проект с вариантом KRS: работает, до этого я только один элемент делал u16 - поэтому не проходило. Спасибо за консультацию