Работаем с процами от атмел и у нас часто происходит отказ J-Linkв режиме RDI при работе с SAM7X, особенно когда делаешь останов, затем устанавливаешь новую точку останова, затем запуск и получаем отказ (не получено какое-то количество байт или попадаем на прерывания undef_handler_, swi_handler_, prefetch_handler_, data_handler_ - особенно часто). Данные прерывания в программе зациклены. При этом если просто загрузить программы никаких побочных явления нет.
Чем это м.б. вызвано?
Проц хороший, но отлаживать гораздо сложнее чем AVR-процы.
Возможно это вызвано колизиями между аппаратным JTAG-ом и PDC

Попробуте снизить частоту jtag в драйвере RDI, ну и вообще с настройками поиграйтесь. У меня подобных вашим проблем не было, было только что флеш в начале прошиватся отказывается.

Проблема в железе. У нас два J-Linkа, один родной ИАРовский, другой его клон неизвесного производителя. Так вот клон именно так себя и ведет. Иаровский тоже иногда слетает, но для этого нужно включить рядом стоящий паяльник.

У нас два оригинальных SAM-ICE от атмела. Слетают где-то раз в час. Частоту пробовал уменьшать - не помогает...

У нас при работе с версией 4.30 проблемы с 4.40 поменьше.

Кроме того при останове отладчиком в прерывании - не всегда корректно перезапускался.
Полечилось очисткой стека прерываний при старте программы:

Ясно одно: однозначного решения проблемы нет.

Один из способов уменьшения зависаний: устранить программы, которые жрут ресурсы проца: при возникновении точки останова и загрузки проца, драйвер RDI может н е успеть все обработать.