Цитата
В datasheet-e написано, что для "0" max 0.8В для "1" min 2В, но это для стандартных портов I/O- если бы для GCLK было бы тоже самое, то у меня бы тогда, ПЛИС не увидела бы синус с амплитудой 150-200мВ, а воспринимался бы сигнал как лог "0".
Ещё как бы увидела, если он попал в район порога переключения. Попробуйте посмотреть на вход логического КМОП вентиля, на котором собран кварцевый генератор, например. Те самые милливольты и увидите. А на выходе - сигнал с цифровыми уровнями. Типичная радиолюбительская схема

Но там хоть обратная связь. А в Вашем случае неизбежно начнутся всякие трудности, например, при заметном изменении температуры. Особенно погано будет, если оно не вообще перестанет воспринимать входные импульсы, а будет их принимать по своему выбору: этот сосчитает, а два следующих - нет