Подскажите в чем может быть причина -
Cyclone 2, заливаю прошивку в PS режиме, контроллером.
Прошивка заливается, Config_Done поднимается, Init Done опускается в нуль и не поднимается. - в User Mode не входит плис.
Прошивку сделал простейшую, тестовую - одну лапу обозвал входом, другую выходом и соединил.
После поднятия Config_Done все неиспользуемые лапы падают в нуль (как и должно быть), та которую я обозвал выходом остается в 1.
В квартусе галку Enable_CLKUSER не ставил...

Почему ПЛИС не стартует?
Cделал вроде все что рекомендуют в Configuration Handbook...

Пока, то что вы описали, подходит под следующую схему:
В конфигурации выключен CLKUSR, выключен INIT_DONE, схема конфигурируется и выходит в рабочий режим.
Из-за выключенного INIT_DONE этот вывод падает в 0 как и все другие неиспользуемые.
Если INIT_DONE во время конфигурации находится в Z то это тоже подтверждает что он используется как IO.

Посмотрите внимательнее с распиновкой, с типом выбранной схемы (корпусировка, количество выводов). Посмотрите качество пайки входа (непропай, кз с соседним IO) (посмотрите не глазами, а тестером). А схема, судя по-всему, выходит в User Mode.

В яблочко

На той лапе где был вход обнаружил микроскопический непропай. прям под лапой. легкое прикосновение паяльником решило вопрос.

Init_Done был включен. но когда припаивал подтягивающий резистор закоротил Init_Done с соседней лапой, которая падала в 0 при входе в User_Mode и задавливала сигнал от Open Collector-ной лапки Init_Done.

ПЛИС работает, тестовый сигнал передается со входа на выход.

Мелкий корпус все-таки. и ног много... аж два ляпа сразу получилось...

Безмерно Вам благодарен

/me побежал учиться программировать в квартусе

хороший Getting Starting мануал не подскажете?

А у меня такой вопрос:
В PS Квартус генерит прошивку с развернутым порядком бит или же MSB>LSB приходится самому "крутить"?

приходится крутить )