Что так нельзя делать, написано в даташитах. Код для программирования FLASH там приведен и понятен.

Но в avr230.zip в файле spm.asm есть такие строчки от IARa
dw 0xFFFF
nop
зачем это нужно? Может, это позволяет решить указанную проблему?

Поясню, чего я хочу добиться. Контроллер ATMega162. Бутлоадер размером 2КБайта занимает всю NRWW секцию. Оставшийся размер памяти программ 14Кб. Из них 8КБ я хочу использовать для хранения текстов, которые пользователь может перезаписвать с помощью моей программы (не бутлоадера) из области Application Section. Вызов из основной программы процедур бутлоадера мне не кажется хорошим решением.

Заранее спасибо

Инструкция SPM не работает из Application section, запись возможна только из Bootloader section. Почему использовать п/п записи из бутлоадера не кажется вам хорошим решением?

Две разные программы. Хотелось отделить мух от котлет Но похоже, придется сделать именно так.
А насчет 0xFFFF есть какие-нибудь предположения, для чего это могли сделать?

Представьте себе это в виде связки DOS-BIOS.Надо искать в очень старых даташитах или эрратах. Раньше надо было так. В современных кристаллах это давно исправили, а код тянется для совместимости.