Работаю с AVR-USB через libUSB. Библиотека очень плохо документирована. Если кто имеет хорошую документацию с полными примерами, поделитесь.
В связи с вышесказанным работаю с «закрытыми глазами». В частности есть такой параметр int ep (endpoint). Беру его, найдя в форуме соответствующее упоминание, не понимая сути. Что это? И откуда его брать?

Читай спецификацию ЮСБ....там всё написано....
если быстро, так ЮСБ может работать с несколькими конечными точками....
обязательной является нулевая конечная точка, через которую собственно и происходит всё управление, через неё происходи запрос дескриптора и т.д.
Все остальные, определённые тобой, конечные точки могут работать как на приём так и на передачу....в зависимоти как ты их определил....они также могут работать в нескольких режимах....к примеру изохорном или передачи больших массивов данных....или передачи управляющей информации....Эти режимы отличаются между собой скоростью передачи данных....и гарантированой доставкой.