Вобщем есть каскадное включение Циклонов (з-и штуки).

С генерировал поф-файл из двух софов (т.к. именно под нее сделал схему) плисины вроде бы грузятся, гаснет светодиод подключен на conf_done.

Но с регистров плисин читаются фифки (FF). Т.е вроде как плисина и не загрузилась, в чем может быть проблема?

Давайте более детально: ссылку на документ и рисунок подключения. Есть ли отступления от подключения предложенного Альтерой?

С каких регистров плис читаются ФФ-ки. Чем читаете - софт, железо?

Ну и вы написали о каскадировании 3-х плис, а поф-файл собрали из 2-х прошивок.

Нашел ошибку, проблема была в том, что Chip Select, был заведен на другую ногу. Исправил проект и все нормально читается. Грузятся все микросхемы.