Простая программа зажигающая по CAN-прерыванию диодик.

В RAM-debug работает, во FLASH-debug - нет.

Может влияют какие-то штуки вроде __ramfunc (для обработчика прерываний) или __inline ..... больше никаких страшных слов, вроде этих, в программе нету.

Без __ramfunc тоже не работает.

Ну для начала какой проц, какая среда, какие настройки среды ? тут не телепаты.
Хотя телепатические выводы можно сделаьть что это иар, и скорре всего относится к ARM но задавайте вопрос точнее.

Речь про IAR EWARM и LPC2xxx наверное?
Варианты:
1. MEMMAP не настроено
2. не прописана контрольная сумма по 0x14 адресу

Я с ARM почти не знаком, но начитавшись форума за два года года, даже я уже могу советы давать при таких симптомах/описании
P.S. пользуйтесь поиском по форуму и профильные разделы читайте (FAQ).

А где настраиваится этот MEMMAP и/или пишется контрольная сумма?

Я ещё только-только начинаю заниматься микроконтроллерами. Профильные разделы читал, но ответа на вопрос(у меня проблема в аккурат как у автора этой темы) не нашёл. Среда - IAR 4.41, контроллер армовский AT91SAM7Sx.

Здорово.
MEMMAP=2; // только для отладки в ОЗУ

Оба страшных слова MEMMAP и "контрольная сумма" относятся к контроллерам LPC имени nxp. Для работы из флеш REMAP делать не нужно (собственно для ремапа у LPC служит регистр MEMMAP, у SAM7 он называется и работает по-другому, но вы можете найти описание в даташите, задав поиск по ключевому слову remap).
В вашем случае причины могут быть другими. Проверьте внимательно, какой скрипт линкера (.xcl) подключен к проекту, какой файл управления отладчиком (.mac), если используете внутрисхемную отладку. Если не используете - напишите простую программу махания ногой и добейтесь ее запуска.