Как лучше сделать? Напряжение выходное до 5В, частота до 100Гц. Нагрузка десятки миллиОм. Думал ШИМ применить с выпрямленного сетевого напряжения, а потом на трансформатор понижающий, так на нагрузке пролазят помехи.
Как отнесётся усилитель класса D(к примеру TDA8924) на работу на трансформатор с практически замкнутой второй обмоткой?

Адекватно отнесётся. Вряд ли это ему понравится. Если стабилизировать нужно ток, чем предполагается его контролировать?

Расскажите подробнее про помехи которые вам жить не дают. Зафильтровать не судьба?
Какую полосу вам на нагрузке смотреть надо, и что за нагрузка ?

Вы думаете что от усилителя класса D не будет синфазки ?

Ну так сделайте свой низковольтный ШИМ-усилитель, современная элементная база вроде как позволяет. Трансформатор для ШИМ усилителя плохо подходит, поскольку очень велики токи подмагничивания.

Можно взять дросселя от ламп дневного света, конденсаторы и сделать линию с 2-4 каскадами - в зависимости от требованию к диапазону тока - на выход понижающий трансформатор, ток можно мерить в отводе на резонансной частоте или при помощи токовых клещей, линейного холла, что больше подходит. Запитывается источником напряжения - на выходе источник тока.
Посчитайте в Spice.

Только не забудте у трансформатора немагнитный зазор.