Для программирования в МК задействуется выводы PE0, PE1 (RxD, TxD), программировать планирую AVRDRAGONом. На выводах МК PE0, PE1 висит драйвер RS232(RS485), RxD подтянут через резистор 10к к + питания. Не помешает ли драйвер RS232 (RS485) программированию.

Не забудь еще SCK (PB1) и /RESET. Для нормальной работы программатора на входах в МК (PE0, PB1, /RESET) не должно висеть напрямую никаких ВЫХОДОВ, в том числе с драйвера RS485. Отвяжи мешающие выходы резисторами 2..3К, а еще лучше - поставь джампер(ы) или ставь драйвер RS485 принудительно в HiZ-состояние при /RESET=0 (если драйвер с RX Enable, /RE)