Схема содержит 4 одинаковых блока. Для этого воспользовался Utils->Module Wizard и создал модуль и вместе с ним связи (LINK).
В схеме, где используется ранее созданый модуль рисую связи. В результате при проверке на ошибки (Utils -> ERC) в отчёте содержатся указания на ошибки (Single Node Nets) всех связей соединённых, каким либо образом с созданным модулем. На самом деле, каждая связь подключена, как минимум к 2м различным выводам. С такимим ошибками система не позволяет сгенерировать файл связей (Netlist).

В чём может быть проблема?

может забыли сделать:
Utils\Resolve Hierachy ?