1. Есть плата AR91SAM6-P64
2. Собрал проект в Keil отладил через J-Link.

Следующий шаг освоения ARM, заливка в Flash.
Стал читать data sheet совсем запутался .
Там сказано что частота работы Flash памяти до 30МГц. Частота МСК у меня 48МГц это что значит, нужно понижать МСК до 30 или Flash работает на 30 а периферия на 48

Это значит, что Вам придется ставить 1 WaitState для флеш, если MCK выше 30МГц. Флеш при этом будет работать на MCK/2.

В роде вычитал, что есть возможность копирования кода в SRAM для быстрого выполнения, можно ли где ни будь найти примеры

Обсуждалось неоднократно - воспользуйтесь поиском. Ключевое слово scatter.

Спасибо! Будем разбираться