// Инициализация TC1
AT91C_BASE_TCB->TCB_BMR = 0;
AT91C_BASE_PMC -> PMC_PCER = (1 << AT91C_ID_TC1);
AT91C_BASE_TC1 -> TC_CCR = 1 << 1;//Disable clock [TC_CCR\CLKDIS {p366}] =1
AT91C_BASE_TC1 -> TC_IDR = 0x000000FF;//Disable all interrupts[TC_IDR {p379}]
dummy = AT91C_BASE_TC1->TC_SR; //Clear all status by read [TC_SR]
dummy = dummy;//Suppress warning variable "dummy" was set but never used
AT91C_BASE_TC1->TC_CMR = AT91C_TC_CLKS_XC1;
AT91C_BASE_TC1 -> TC_CCR = AT91C_TC_CLKEN | AT91C_TC_SWTRG;//Enable clock & Start timer
//
Далее раз в секунду считываю количество импульсов и обнуляю счетчик.
С меандром все нормально работает, но как только подается синус начинается всякая дребедень.
Что я не учел и как с этим бороться? Сделать из синуса->меандр не предлагать.

Поставь триггер Шмитта.

При подаче синусоиды возникают многократные переходы на медленном фронте.


Тем не менее, это единственный выход. Поставьте триггер Шмитта на входе.

Этого я и ожидал.
Дело в том, что платы уже готовы и городить что-то навесным монтажем не очень хочется.

Попробуйте включить фильтр на входе (PIO_IFER).

Фильтр на входе не распространяется на периферию, только на PIO.

Точно. Можно считать импульсы без таймера, через edge detector, смотря какая частота.