была написана простейшая программа (дерганье ногой) в Keil, симмуляция программы проходит успешно, все работает.. Далее берется hex-файл и зашивается в контроллер с помощью SAM-BA.. Прошивка также проходит без видимых проблем (проверка проходит успешно).. Далее перезагружается микроконтроллер, смотрится результат.. которого, к сожалению, нет..

Так вот, вопрос в следующем: может ли это быть из-за того, что, скажем, самбе требуется bin-файл, а не hex? Если так, то какой можно воспользоваться программкой? (в принципе, пробовал конвертить программкой hex2bin, однако ситуация не изменилась)

Если вы работаете с at91sam7x (наверное с другими такая же ситуация),
то перед загрузкой программы с помощью SAM-BA, вам надо:
- кратковременно (пусть 1сек) подать сигнат питания на вывод "ERASE" (для стирания flash),затем
- выключить питание контроллера, замем
- включить и только тогда можно прошивать, надеясь на успех

Да я так и делаю.. Более того, без этих действий винда вообще не увидит, что к ней присоединена плата.. В том-то и дело, что прошивается МК вроде нормально..

Самбе на входе нужен bin. Выложите проект - попробуем разобраться, почему не мигает.

Спасибо, все заработало..
Забыл указать, откуда нужно грузиться МК..