Здравствуйте!

Интересует вопрос: можно ли как-нибудь заставить автотрассировщик использовать джамперы?

При трассировке простых схем предпочтительнее получить одностороннюю плату с джамперами, чем двухстороннюю с отверстиями.

Нельзя. PADS вообще не очень заточен на односторонние платы, а возиться с массой ограничений на трассировку, возникающих при использовании джамперов, наверное, ни один трассировщик не будет. Доводите платы вручную.

А если попробывать трассировку в двух слоях. При этом в настройках трассировки проставить минимальный приоритет в слое ТОР и ограничить максимальную длину проводника. После довести вручную, заменив проводники в этом слое перемычками.