Цены на обработку и изготовление прототипного заказа выше чем у серийного..так в чем же все-таки выгода? Допустим мне надо изготовить 2 платы с последующим "дозаказом" через 2-5 месяцев, размер одной платы 100х100мм (4 слоя), как поступить, чтобы вышло дешевле?

Выгода в том, что можно заказать мало плат, и в сумме выйдет дешевле. А серия делается для минимум определённой площади плат, и эта минимальная площадь будет стоить в сумме дороже. Хотя каждая плата получится в серии дешевле. Если планируется дозаказ - однозначно серия. Т.к. только в этом случае шаблоны не придётся делать повторно.

Прототип ещё выгоден, когда надо изготовить много типов плат, но всего по одной-две штучки.

На счёт "дозаказа". Если уверены, что не будет изменений в плате, то лучше сразу серийно заказать.

Если у вас плата одного типа, то выигрыш от прототипа почти никакой. Выигрыш в цене будет более менее значимым если у вас много типов плат, которых нужно сделать по 1-2 штуки, и при этом все они поместятся на одной заготовке.

Совершенно верно. Именно для этого мы, по многочисленным просьбам, в свое время и реализовали эту услугу. Впрочем, когда у Вас только один тип плат, то выгода тоже есть. Если нужна, допустим, всего одна плата размером 30Х50 и больше в таком виде она Вам скорей всего не понадобится, то зачем переплачивать за целую заготовку 6-8 дм2.