Надо попробовать его сгенерировать в новом чистом проекте и потом вставить в старый, иногда помогает. Сталкивался с проблемой, что САПР иногда у себя начинает мутить внутри и заваливает проект... делаешь новый вводишь старые исходники и все ок.. Сам использую примитив TRI и не мучаюсь. BIDIRы глючат иногда, что в Ксилинксе, что в Альтере__