На плате много компонентов для поверхностного монтажа, сделала размещение, расставила фэноуты.
На площадках под соики, резисторы, конденсаторы - без проблем. На площадках под корпуса TSOP-32,48 и PQFP-208 фэноуты не ставятся. Пробовала равзести эти корпуса в автороуте - не разводятся, хотя сигналы подсвечиваются и в мультиплоу, и поодиночке. В чём конфликт может быть?

Для начала обратите внимание на величину зазора pad-pad. Если он задан больше, чем есть на самом деле в конкретном cell, связи от ног этого cell разводиться не будут.