Вставляю в конец AUTOEXEC.BAT свою программу, которая открывает файл, читает из него 2 байт, инкрементирует и записывает их обратно, и при запуске ее из BAT файла происходит какаято лабуда - читаются совсем не те данные (например 4053. при нормальной работе 47).
При запуске с командной строки все работает отлично, число в файле растет после каждого запуска.
Такое ощущение, что чтение происходти из разных файлов

Даже представить не могу в чем проблема. Может кто подскажет. Пожалуйста.

Если Вы в программе открываете файл в текущем каталоге, то каталог может быть разный для запуска из autoexec.bat и "вручную" из командной строки.