Что произойдет со сётом времени, если я на некоторое время выключу обработку прерываний(cli), а потом снова включу(sei)? произойдет что либо критическое или он просто не учтет какой то промежуток времени? таймер работает по переполнению.

Если за время запрета прерывания таймер дважды (трижды и т.д) переполнится, то Вы об этом никак не узнаете (флаг переполнения - взведен, и произойдет только одно прерывание по переполнению).

Работают независимые механизмы. Счет времени продолжается вне зависисмости разрешены прерывания или запрещены.

Т. е. он продолжит считать с нуля, но прерывание генерится не будет?

Таймер - как считал, так считать и будет: флаг I - на счет таймера не влияет. Как только наступит переполнение таймера - взведется флаг переполнения. Таймер продолжит счет с нуля. Как только, прерывания будут разрешены - произойдет прерывание по переполнению (если, это событие произошло за время закрытых прерываний). Но, если время закрытия прерывания больше чем время за которое таймер переполняется, то он (таймер) может переполнится несколько раз. Если последнее имеет место, то после открытия прерывания Вы получите только одно прерывание по переполнению таймера.

Если у Вас такой режим таймера, а прерывание запрещено.