Что читается из OCR2 в режиме PWM ? То, что в буфере, или то, что в регистре сравнения ?
И еще - похоже, что при записи в TCCR1A c установленным FOC, сначала выход OC ставится в состояние, описываемое текущим содержимым регистра, а затем биты COM переписываются в соответствии с записанными значениями. Верно ли это ?