Кто нибудь может дать описание инструкций вышеозначенной флэшки для ISP-программирования. Или описание процедуры программирования...

А у производителя разве нету?

1. Создаете файл *.xsvf/*.svf (в этом файле будут прописаны все инструкции, необходимые для программирования). Что представляют из себя эти файлы, читаете здесь:
XAPP503 - SVF and XSVF File Formats for Xilinx Devices
2. Шьете этот файл согласно следующему документу:
XAPP058 - Xilinx In-System Programming Using an Embedded Microcontroller