Осваиваю Мегу48 в Студио 4.11 сервис пак 2 (самое свежее).
При установке бита CS02 регистра TCCR0B счетчика "0" отработанным движением : sbr r16,(1<<CS02) ... out TCCR0B,r16 устанавливаются битЫ CS02 и CS00
Добавление sbr r16,(1<<CS02)+(0<<CS00) не помогает, приходится "грубо" писать $4 в регистр.
Это глюки "Студио", Меги или ..?
Кто-то сталкивался?

Это глюки студии - доказано мною.
Для Atmega48 я сам намучился с ШИМом. В AVR Studio вообще неправильно работал таймер и соответствующий вывод для ШИМ. На плате все было в порядке.
Если тебе так надо отладить это в студии, то поробуй отоадь свой таймер на другом процессоре (atmega162 - помойму студия с ним работала коректно)

Дело в том, что команда SBR Rx, XX анологична команде ORI Rx, XX и по этому необходимо учитывать предыдущее состояние регистра Rx (в вашем случае R16) или пользоваться командой MOV Rx, XX.