Неоднократно бывало такое: приходит плата с объекта, начинаешь разбираться и упираешся в ПЛИСу (конкретно EPM7064SLC), на входах всё есть, а выходах ничего. Перепрошиваешь - все работает.
И вот у нашей группы надежности наконец возник вопрос, что записать в карте отказа - то ли мы виноваты, то ли потребитель неправильно эксплуатирует.

Может она эксплуатируется в зоне повышенного электромагнитного поля? Довольно много работал с серией 7000S и не встречал слётов прошивки из-за КЗ выходов, перенапряжений и т.п... Горели полностью - да, горели только каскады отдельные, иногда частично выходила из строя логическая структура, но чтобы лечилось перепрошивкой - такого не было. Может, я просто не сталкивался с такими случаями, но внутренний голос подсказывает, что её что-то "стирает".

Может у кого есть информация об устойчивости CPLD к различным электромагнитным и ионизирующим излучениям. На сайте Altera кроме What affect does X-ray radiation have on ALTERA devices? ничего не нашел.

Чтобы ответить на вопрос надо ПОЛНОСТЬЮ расписать все условия:
Не превышает ли температура допустимую?
КАК именно включены входы JTAG. Что-то к ним подключено?
Или они брошены в воздухе и ловят помехи? Нет ли бросков по питанию? Что подключено к выходам - может там по включению кто-то перегружает выходы....
А так, что можно сказать???

Условия экплуатации нормальные, перегрузка исключена, входы буферизированы, максимальная рабочая частота 2МГц, у JTAG все, что надо подтянуто и подперто и больше никуда не подключено, питание стабильное.
Данная плата используется в системе уплотнения телефонных кананалов со стороны абонентов. Со стороны абонентских линий применена стандартная грозозащита (разрядники, ограничители, предохранители). В конкретном экземпляре все четыре абонетских канала были исправны (в том числе и предохранители).

там нет случайно небольшого - допустимого для плис отрицательного питания в выключенном состоянии?

Нет.

У меня слетала прошивка в MAX7000S от мощных электромагнитных импульсов, генерируемых источником импульсного питания лазера. Устранялось путём применения экрана в виде жестяной коробочки вокруг ПЛИС, а также одевания ферритовых колечек на силовые провода лазера.
Но у меня прошивка слетала в ОЗУ, т.е. после выкл-вкл питания всё восстанавливалось. Не исключаю, что мощные импульсы способны и флешку убить.

MAX7000S разве содержит ОЗУ?
Altera's MAX® 7000 CPLDs are based on the advanced Multiple Array Matrix (MAX) architecture and offer world-class, high-performance solutions for a broad array of applications. Manufactured on an advanced CMOS process, the electrically-erasable programmable read-only memory (EEPROM)-based MAX 7000 products provide instant-on capability

Думаю что имели ввиду регистры, которые хранили текущее рабочее состояние, они ведь тоже - память.

Возможно, я и ошибался. Специально по этому вопросу никакую доку не читал. Всегда считал, что в макс7000 есть флешка, в которой изначально хранится прошивка, потом она при старте грузится в некое ОЗУ (пусть на триггерах или на чём), и уже с ОЗУ управляются логические ячейки.

Дело темное, конечно.
Но вот такие мысли приходят в голову, вспоминая историю.
ППЗУ - стирались ультрафиолетом (защита заклейка окон).
ППЗУ без окошка (однократно программируемые) - левый способ стирание ренгеновским излучением (результат м.б. плачевным, если переборщить).
Flash - стандартно стирается электрически (ренгеновским излучением наверняка можно добиться аналогичных результатов).
Радиация тоже может решить задачу. Тут уже физика.

У меня прошивка несколько раз слетала при перерреве платы.~100град.
(сушка лака на макетке)

Это в MAXII. А в 7000 как в ПЗУ.