В описаниях МК (у меня Мега16) указано, что в заводской конфигурации JTAG запрограмирован конфигурационной ячейкой.
Правильно ли я понимаю, что в таком режиме выводы Меги16, которые совмещены с JTAG, (это РС2-РС5) не подключены к порту ВВ и использовать их как порт будет невозможно?
Как я понимаю, если мне не нужен JTAG, а нужен весь порт С, то надо при прошивке однократно отменить программирование этой конфигурационной ячейки?
Какую команду на ассемблере указать для этого и в какой части программы? (Я не использую программы, где это реализовано в меню).

Да, верно. Если хотите использовать весь порт, необходимо сбросить фьюз JTAGEN. Это можно сделать любым программатором AVR, достаточно один раз, если в дальнейшем JTAG не понадобится. Новые чипы идут с отключенным JTAG.

Я использую AVReAl и самодельный STK200. Как сбросить этот фьюз?

Читайте документацию, там ведь все описано.