Проблема: Необходимо разработать несколько PCI-устройст (~4). Схему и разводку платы делаем сами.
Вопрос:
- как указать производителю, что надо сделать PCI-разъём (углы фрезеровки, покрытие ламелей);
- где найти проверенную PCAD-библиотеку для PCI-разъёма;
- сколько стоит изготовление указанного количнства (и срок);
- возможно ли изготовление на двухслойной плате.

По поводу слоев, если опыта разработки PCI устройств у Вас нет.
То об двух слойке скорее всего придется забыть, даже если комплексность мальенькая.

В мапудствие скажу следующее:
Наиболее здраво делать - это так:
Брать только 5В с PCI, остальные 3.3, 2.5, 1.8 например которые Вам нужны получать из них.
Причем брать с контактов A61,A62,B61,B62.
Так получается наиболее простая разводка по питанию.
С таким подходом я вмещался на двух слоях.

Но обычно делаю так:
1 слой - сигнальный
2 слой - plane там области под питание 5В, 3.3В, 2.5В и т.д.
3 слой - земля
4 слой - сигнальный
-----------------------------------------------------------------------
По поводу библиотеки, я рисовал сам под пикад.
В оркаде кажется в комплекте идет, на Eagle где-то в нете видел.
По поводу производства, я все PCIи заказывал в Резоните, производство в Европе.
Сроки были порядка - месяца.
Стоило мне это удовольствие за 10 плат с зеленением, электротестом, шелкографией двусторонней и золочением порядка 20 штук.

Производителю нужно только указать, чем покрыть Вам разъём золотом или никелем. Остальное -- углы, фаски и т.д. делаются по стандарту.

Разрешите один вопрос, как к человеку, работающему на производстве ПП: когда говорят "золочение", покрывают на самом деле золотом или нитридом титана7

Не знаю как у других, у нас золото.

Нитрид титана изоляационная масса. Вам нужно золото - см. PCI 2.2 спецификацию на стр. 176 "Contact Finish".