В Pcad2002 если дорожка заходит на КП, не попадая в центр то она уже является разведенной и связь не видна. Если я файл разведенный в Pcad2002 читаю Pcad2006 то есть много маленьких, кусочков, неразведенных связей. Есть ли в настройках опция чтобы убрать эти кусочки и связь считалась разведенной.

Tools->Reconnect Nets.. с включенной Check for Copper Sharing не помогает?

UPD:
Проверил, не помогает

Utils->Reconnect Nets не помагает.

Была там опция, которая дорожки до центров дорисовывает. Ищите.
Clear Traces попробуйте.

Вот:
Utils / Trace Clean Up.
Посмотрел, в 2004 до центров падов дорожки жорисовывает.

Спасибо, помогло.