загружаю Expedition, Project Integration выполняется успешно но графа Schematic and Layout databases synchronization горит красным. Работаю, меняю Constraint Editor System... (создаю дифференциальные пары....) в конце сохраняю свой проект в expedition: выдается сообщение Constraint synchronization failed.Constraints have not been updated in DxDesigner

Кто-нибудь сталкивался с такой проблемой?

Проблема может быть связана со многими факторами. Посмотрите log (аннотации, синхронизации CES) в них Вы сможете найти причину (причины) нарушения синхронизации.

Скорее всего где-то ошибка в CES. У меня подобное сообщение выводилось при пустых ячейках минимальных толщин проводников в net-классе Default.