Возможно ли написаь программу которую не видно в Task Manager.
Если можно то как это сделать.

Есть ли возможность в программе определить под каким Login'ом пользователь
вошел в систему.

Смотри на сайте http://www.wasm.ru, там в статьях или доках. И на форум сходи

вирусописатель?

1. Можно - оформить программу в виде dll и подцепиться к чужому процессу (через внедрение файл программы своего кода - надо всего 20-30 байт), или, когда процесс запущен - пара манипуляций и вызов функции CreateRemoteThread()

2. Есть, названия функций не помню

Я так понимаю, что программа на продвинутых пользователей не рассчитана, а потому наверное проще всего создать сервис с таким именем, как один из стандартных и запускать его из другой папки. Что касается определения текущего профиля, зайди на www.firststeps.ru , я где-то там это встречал.

Если речь о Винде, то опpеделить под каким Login'ом пользователь вошел в систему можно так :

OpenProcessToken(GetCurrentProcess(), TOKEN_QUERY, &hThread);
для текущей задачи, или получив предварительно хандл процесса для другой
GetTokenInformation(hThread, TokenGroups, ptg, cbTokenGroups, &cbTokenGroups) ;
получаем в TokenGroups секьюрити контекст в виде SID пользователя, его групп и списков прав доступа, остается SID перевести в имена.
BOOL LookupAccountSid(...)

Если нужно только имя пользователя под которым запущен текущий поток можно прще :
BOOLEAN GetUserNameEx(EXTENDED_NAME_FORMAT NameFormat, LPTSTR lpNameBuffer, PULONG nSize);
Подробности смотри в MSDN

есть замечательная книжка Дж.Рихтера - Windows - для профессионалов, там эти вопросы отлично освещены - можно взять на програмистских порталах, например на club.shelek.com в разделе файлы.

Почитай тут:
http://www.cracklab.ru/download/get.php?g=118