Вообщем нужно пробежаться по брейкам по уже откомпиленому коду(В железе). И посмотреть нужные регистры. Есть ли варианты сделать это стандартными средствами?

ИМХО нет. Для этого должен быть сгенерирован файл, уже имеющий внутри себя, отладочную инфу. HEX дебажить CSpy не умеет.

В IAR имеется режим отладки, включаемый галкой "Attach to running device". Если это не то, что необходимо, то тогда разьясните пожалуйста.

VAI предложил вариант, вроде как должно работать, опробую, отпишусь.
Всем спасибо.