Прибор состоит из двух плат. На одной процессор с обвязкой, на другой коммуникация, в частности USB разъем. Расстояние между платами порядка 10 см. Для связи по USB использую AVR-USB на ATMega8. Связь с основным МК по UART. Вопрос, где лучше ставить ту самую ATMega8? Т.е. какой интерфейс тянуть на 10 см, UART или USB? Или при такой длине это не имеет значения?

Когда то юзал ЮСБ - на 2 метра - нормально работало - только надо было спец разъём ставить и шнурок юзать.. Хотя считаю что для 10 см, если в округе шума не будет, то тут что уарт что ЮСБ - один пень..

Тут важна не длина, а наличие гальванической связи земли компьютера с тем, к чему обвязка подключена. Особенно потому, что USB не токо дифф-ными сигналами оперирует. Достаточно мощная сингфазная помеха - и (D+)=(D-)=0. А это отключение устройства - перетыкать надо.
В идеале - полная гальв. развязка. Или другие какие меры - типа продольных трансформаторов. На концах USB шнуров бульбы видели? Это они и есть.
Думаю в вашем случае развязаться с помехой не сложно - раз даже платы разные. Можно эти 10 см RS485 протянуть, а земли у плат вообще не связывать. Питание коммуникации от USB брать. Это если у процессора своё есть конечно.

IMHO лучше UART тянуть, частоты ниже.

+1.
USB, чем короче, тем лучше. А для UART при необходимости и гальваноразвязку сделать проще.

Использовал UART для связи изделия С РС на 115200 на 3-х проводном шлейфе (TxD, RxD, GND), длина около 70 см + внутри устройства до внешнего разъема до 5-7 см.