Гм... Я-то думал как раз наоборот... И даже нарисовал сегодня часть схемы с плисиной для подачи конфигурации в момент ресета...
Джон из интела, конечно, прав, что даташит не совершенный.

Но! Вы _точно уверены_ что, например, ANEGA не нужно подтягивать к нулю, выключая таким образом, в момент ресета, если во время работы планируется переключить режим в оптику?
Другими словам: как у Вас установлено аппаратное разрешение auto negotiation (если не ошибаюсь, пин MF4 в интеле)? Если оно у Вас включено, и Вы переключаете PHY в оптику во время работы программно, и программно же отключаете auto negotiation, то это, конечно меня немного успокоит. Хотя, хотелось бы услышать и мнение кого-либо, реально работавшего с AMD...