Почему-то после ночи не работает пока ее заново не прошьешь. Не встречался ли кто с такой проблемой?

А чем она у тебя ночью занимается Немного подробней, пожалуйста. Верификацию программы делали?

Ночью она занимается ничем. Программу проверял - та же. Она даже не то чтобы совсем не работает, а очень плохо работает, например, по RS обменивается с ошибками. Я, правда, еще детально не выяснял природу этих ошибок, но как только перепрошьешь - все идеально!

Питание во время прошивки нормальное?

Питание нормальное, шью AVREAL-ом
Может такое быть из-за превышения лимита прошивок (10000 по паспорту)?

Проверь кварц и CKOPT

Как обстоят дела с питанием контроллера? Ночью никаких скачков не может происходить?

У меня была ситуация с atmega128 - я использовал BootLoader, с целью удаленного апгрейда. Так вот, контроллер при выключении/включении питания зачастую умудрялся стирать часть программной памяти. Спасло включение BOD. Сейчас как часы.

Я сталкивался с неустойчивой работой на m2560v-8. При пониженном напряжении и повышеной тактовой. Короче требуется применение по паспорту. Проблемы кстати явно с флэш памятью.

Спасибо за советы. Утром попробую - сообщу

Несколько раз наблюдал глюки у МК, которые применял для отладки в макетах и часто перешивал.
Эффект связан с тем, что при стирании битов, которые много раз прошивались в "0" стирание происходит не до конца. Встроенный алгоритм стирания доводит внутренний уровень бита до порога, и все.
При небольшой разнице питаний при программировании и нормальной работе верификация проходит нормально, но программа начинает глючить.
Лечится несколькими последовательными стираниями (3-5 раз подряд).

В прежние годы с ультрафиолетовой памятью такое случалось частенько, если плохо сотрешь память
От фирмы это слабо зависит, это особенность современной технологии. Видел такое и на AVR, и на PIC-ах, и на MSP430

У меня была подобная проблема с мега16, которая после ночи или длительного выключения наотрез отказывалась работать с SPI (там стояла АТ45) и начинала работать только после перепрошивки, после танцев с бубнами выяснилось что программатор (самодельный STK200 на НС244) садит линию MISO и начинает нормально работать только после обращения к программатору, например в ходе прошивки, а т.к. программатор был все время подключен к плате, то после длительного простоя он просаживал ответ от АТ45 вследствие чего и были проблемы. Решалось все заменой программатора или отключением его от платы.
Конечно у мега128Х программатор и SPI слабо пересекаются в отличие от мега16, но может и у вас дело не в МК, а в каких то внешних факторах, на первый взгляд кажущихся незначительными.