В проекте есть большое количество ненужных механических слоев.
Забыл как их оттуда удалить.
И в мурзилке найти не получается.

Просто наваждение какое-то.

Убрать галочку Enable напротив названия слоя в пенели слоёв (L).

Спасибо.

Проблема была в том, что после нажатия "L", панель слове открывалась в _маленьком_окошке_ и нужные места просто не были отображены. После того, как я вручную растянул панель слоев на весь экран все встало на место.