насколько я знаю, ориентация компонентов в peak and place отсчитывается как правило против часовой стрелки. Может ли оно также отсчитываться по часовой стрелке для автоматов установки? Если да, где и как это можно установить в альтиуме?

Зачем в алтиуме.
Передаете в EXCELL. А там сто тяжело формулу написать типа
Угол= 360-угол

Ох и обленился народ.