Что это за цепи(соединения)?

MST - Minimum Spanning Tree, если не ошибаюсь. Это способ соединения netlines согласно принципу, понятному из названия.

MST (Minimum Spanning Tree) tells the router to connect the pins in any way possible - тип топологии цепи, позволяющий трассировщику соединять выводы любым возможным путем (любой возможной последовательностью).

слово minimum тоже имеет смысл. В теории графов речь идет о таком дереве, которое соединяет все вершины графа и при этом имеет минимальный суммарный вес всех ветвей - например, если это трассы, то минимальную суммарную длину всех проводников в цепи. Что, вообще говоря, неплохо. Петли, например, исключаются по построению.

А что под последовательностью понимается?

А чем MST, к примеру, от HTree отличается?

Откройте help например в CES и найдите по ключевым словам topology type, приведены картинки, из которых понятно что за чем нужно.
Так как речь идет о манипулировании линиями связи между выводами компонентов, то под последовательностью и понимается настройка последовательности трассировки связей между выводами (комбинаций масса: звезда, цепочка, Htree и т.д.).