В документации нашел, что можно "прошивать" микроконтроллер по SPI-линиям, надо только поставить в эти линии резисторы и подключить разъем программатора до этих резистором (по отношению к МК). Вот только мне эти линии нужны, так как используются в устройстве. Как можно подобрать номинал резисторов?

И ещё: я тут схему одного устройства спроектировал... Впервые в жизни использую микроконтроллеры Atmel, спросить не у кого... Можно ли выложить тут где-нибудь схему и может ли кто-нибудь мельком глянуть и указать на ошибки... или показать слабые места? Схема анализирует пакеты из CAN-сети и по определенному пакету (аварийному) отправляет СМС сообщение через GSM-модем. В приниципе - там все несложно, но может я чего не знаю...
Схема в формате P-CAD2006.

Это смотря какие резисторы у Вас в ISP программаторе на выходе стоят.
Если без них (как у меня), то Ом 200-300 ляпнуть

Очень просто: если к выводу МК подключен вход другой микросхемы в вашей схеме, то резистор не нужен - вход микросхемы пренебрежимо мало влияет на сигнал. Если подключен выход (например, к линии MISO), то этот резистор вместе с резистором на выходе программатора образуют делитель. Резистор должен быть достаточно большим, чтобы уровни, подаваемые на вход процессора укладывались в допуски на напряжение логического нуля и единицы. Если на выходе программатора резисторов нет (что само по себе плохо), то этот резистор ограничивает выходной ток микросхемы в схеме и выходного буфера программатора. Таким образом вы можете прикинуть минимальное значение резистора. Но этот же резистор в нормальном режиме работы схемы образует с входной емкостью ножки процессора RC-фильтр, значит, его сопротивление должно быть настолько малым, чтобы завал фронтов после этого фильтра не влиял на работу схемы. У меня на выходе программатора стоят резисторы 33 Ом и в схеме (при необходимости) ставлю 1КОм.
Можно запаковать в .zip и прикрепить к сообщению. Но PCAD2006 прочитать могут далеко не все, поэтому если схема небольшая, то лучше в виде картинки, а если большая - в виде .pdf. Pdf прочитать могут все. Получить pdf можно с помощью виртуального pdf-принтера, например бесплатного cutepdf writer

оффтоп: есть ещё хороший и бесплатный http://www.primopdf.com/