Подскажите пожалуйста как правильно обрабатывать цикл подверждения прерывания на шине PCI и надо ли это делать вообще?

если Вы имеете ввиду C/BE[3::0]#="0000" - Interrupt Acknowledge, то насколько я знаю эта команда исключительно для interrupt controller-а. обычные master/slave устройства на неё не должны реагировать. Если Ваше устройство выставляет прерывание на шине, то для подтверждения получения его драйвер (вашего устройства) должен опрашивать через I/O или Memory "регистр" статуса устройства (а для устройства попытка чтения данного регистра будет являтся сигналом к снятию прерывания с шины). смещение относительно BAR и чем заполнять Вы выбираете сами.

Спасибо, в понедельник проверю в железе - отпишусь