Просмотрели несколько версий AVRStudio начиная с 4.12. Ни один из штатных дебагеров студии не поддерживает оный камень!
И что не так?

Странные вещи рассказываете. ATmega128(L) поддерживается обычным JTAG ICE.
В JTAGICE.chm и JTAGICEmkII.chm от AVRStudio 4.13 (на 4.12 откатываться ради только такого интереса не буду) в списке "Supported Devices" ATmega128(L) присутствует.

Настройки студии верные?
Фьюзы на jtag отладку открыты?
Никаких проблем с отладкой 128, 1281, 2561

Вопрос снимаем. На трёх машинах была кривая установка студии.
Снос-чистка реестра-переустановка решила проблему.
Век живи - век учись.