Подскажите, как лучше организовать запись данных во флешку AT45DB321. Запись нужно проводить 1 раз в минуту во временный буфер(допустим в 1-ю страницу). Каждый час данные из временного буфера будут переписываться в часовой архив который будет начинаться со 2-й или 3-й страницы. Писаться будет по 88 байт, т.е. по 6 записей на страницу. Часовой архив ведется не менее 4-х лет.

Вопрос не оригинальный. Для увеличения ресурса Flash-памяти при журналировании обычно используют циклическую запись с временными метками. Т.е. пишите последовательно по всей памяти DataFlash, сопровождая начало каждой записи меткой времени (в формате UNIX это 32-битное число) и завершая запись LRC или CRC8, например, для контроля ее целостности.

Зачем писать в первую страницу. Пишите в буфер микросхемы, их там аж два.
Допустим раз в час переписывайте буфер в нужную страницу, а в первом байте пишите номер записи, через час читаете последнюю записанную страницу во второй буфер и определяя по номеру записи смещение, дописываете данные из первого буфера. Записываете во флеш.
Использовать в качестве буфера первую (или любую другую страницу) не рекомендую, сталкивался, что при частой записи одной и той же страницы с ней через время могут возникнуть проблемы.

Буфер разве энергонезависимый?

Буфер у DataFlash это ОЗУ, естественно при пропадании питания информация в нем пропадет. А разве у вас в устройстве не предусмотрено сигнала аварии, возникающего при снижении питания ниже нормы? Вообще ваше устройство с сетевым питанием или с батарейным или сетевое с резервным питанием?

supervisor/cpu+flash через диод буферируем кондером - при емкости в 10 мкф можно ОЗУ за это время 10 раз сбросить

А где хоть слово про энергонезависимость. Поставьте батарейку, при таком количестве циклов записи флеш сколько проживёт?
За год 525600 циклов, гарантированно дают 100000, вот и думайте.

Даже 10000. Т.к. после этого надо другие страницы в этом-же блоке перезаписать. Т.е. если с момента записи страницы в этом блоке было более 10000 записей в другие страницы - эта страница м.б. запорчена. А реализовывать счётчики кол-ва записей страниц - это такой гемор. Думаю, что никто этого не делает. Введение-же циклической записи эту проблему само-собой снимает.

У АТ45DBххх максимум 50 тыс циклов перезаписи (информация получена напрямую с Атмела) пару лет назад, когда критичные данные начали портиться по причине многократной записи в одну и ту же страницу.
Для минимизации рисков ни в коем случае не надо писать в одну и ту же страницу.

Я поднимал похожую тему, правда с более конкретным вопросом:
Хранение указателя на конец данных в AT45xx DataFlash, Как лучше организовать?
Почитайте, может какую хорошую идею для вашего случая почерпнете.
Свою проблему я решил немного иначе, чем мне советовали. Может быть, когда весь прибор до конца доделаю и испытаю, то отпишу подробно про свой алгоритм работы.