Привет я написал программу и хочу зашить в МК Atmega16, протее я не использую внешнего кварца. МК новый, и имеет заводом установленную частоту встроенного кварца 1МГц. Имею ли я возможность задавать частоту чипа более 1МГц, когда прошиваю впервые? (использую программу CVAVR)

Никем не запрещено изменять фьюзы (тем самым, изменяя частоту тактирования) без перепрошивания флеша микросхемы. Не запрещено изменить фьюзы после прошивания, тем самым, задать конкретный рабочий режим. Лучшее, что можно Вам тут посоветовать - это попробуйте проделать то, о чем Вы говорите.

Только надо быть на 110% процентов уверенным, что делаешь, а то не стоит и трогать фьюзы, хуже будет

http://www.ln.com.ua/~real/avreal/
сделай как там - и можно играться как хочешь и ничего не бояться