Скачал презентацию http://www.ncab.ru/front_end/pages/document/19.
На странице 23 приведен пример удаления контактных площадок ПО на слое top, к которым нет подключения на этом слое.
Вопрос о реализации этого в производстве. Если есть сквозное ПО с top на bottom с подключением на слое bottom и на одном из внутренних слоев, то можно удалить КП этого ПО на слое top и всех внутрених слоях, в которых нет подключения?
На процес металлизации отверстия это не повлияет?

Для осуществления процесса металлизации любого сквозного отверстия, в том числе и переходного, контактные площадки обязательно должны быть на внешних слоях, независимо от того, подходят проводники на внешнем слое или нет.
В частном случае - для несквозных (слепых/глухих и погребенных/скрытых) отверстий контактные площадки должны быть на каждом из "крайних" слоев для каждого типа слепого/погребенного отверстия.